免疫沉淀（IP）是一種可以純化和富集目標蛋白的沉淀技術，在蛋白質組學研究中可用于識別蛋白質與蛋白質之間的相互作用。免疫沉淀是一種重要的技術，用于研究蛋白質之間的存在、相對豐度、大小、上調或下調、穩定性、翻譯后修飾（PTMs）以及相互作用。以下為免疫沉淀實驗常見問題及解決方案，希望對大家的實驗有幫助。

一、背景高

1. 樣本中有不溶蛋白殘留，離心后應立即取出上清。

2. 洗滌不充分，優化洗滌緩沖液，通過向洗滌緩沖液中加入去垢劑（0.5-1%NP-40/Triton X-100/Tween-20）、增加鹽離子濃度（如250mM NaCl/1-2mM DTT/β-ME），增加洗滌時間和次數來提高洗雜效率。

3. 有非特異蛋白和磁珠結合，磁珠用BSA預封閉不充分，確保BSA新鮮，將磁珠和1%BSA 孵育1小時，使用前PBS洗滌3-4次。

4. 抗體特異性不好，使用親和純化，特異性好的抗體。

5. 抗體用量太多導致非特異結合，嘗試使用更少的抗體。

6. 裂解液中蛋白含量太高，導致洗滌液有很多假陽性蛋白，減少樣本用量。

7. 蛋白和抗體非特異結合，可以在免疫沉淀之前預先將磁珠和樣本孵育，清理樣本中可以和磁珠結合的成分，一些研究人員也使用同型對照來預清理裂解液。

8. 樣本中目的蛋白降解，樣本裂解時嚴格低溫操作，加入過量蛋白酶抑制劑。

9. 高強度洗脫緩沖液（如SDS-PAGE上樣緩沖液）將導致多種非特異蛋白和抗原一起洗脫，溫和的緩沖液（如0.1M甘氨酸，pH2.5）可防止此類污染。

二、大量抗體被洗脫

抗體用量太高，嘗試減少抗體用量

三、沒有檢測到目的蛋白洗脫

1. 樣本中目的蛋白不表達或低水平表達，如果表達水平低，需要增加裂解液用量，但也可能導致非特異結合的增加，所以在免疫沉淀之前需要預先清除裂解液。

2. 抗體用量不夠，檢查抗體用量，提高使用量。

3. 目標蛋白沒有從磁珠上洗脫，需要確保使用的洗脫緩沖液正確。

4. 抗體沒有結合磁珠，確保使用的磁珠和抗體亞型匹配，磁珠正確保存，防止變質或干燥。

5. 裂解液中鹽堿度太高，需要改用低鹽堿度裂解液。一般可選NP-40, RIPA, western及IP細胞裂解液。

四、加樣順序對靶蛋白得率的影響

磁珠、抗體、抗原樣本混合一起孵育，速度最快，但靶蛋白純度和得率會很低。

間接法是抗體和抗原樣本先結合，再加入磁珠孵育，靶蛋白得率最高，直接法是磁珠先和抗體結合，再加入抗原孵育，對于表達豐度高的蛋白，兩種方法差別不大，如果表達豐度低，要選擇間接法獲得更高的靶蛋白得率。

五、抗原洗脫方法的選擇

1. 變性洗脫法：如果后續進行WB分析，可用此法十分高效，但洗脫下來的蛋白沒有生物活性。

2. 酸性洗脫法：如果要對洗脫后蛋白進行功能分析，則用酸性洗脫法，0.1-0.15M甘氨酸（pH2.5-3）是最高效的非變性洗脫液。

3. 競爭洗脫法：如果靶蛋白帶有標簽，可用高濃度標簽或配體進行競爭性洗脫，洗脫后樣本具有生物活性，且沒有抗體片段污染。

六、陽性和陰性對照如何設置

陽性對照：就是常說的input,可直接用細胞裂解液或提取好的蛋白進行WB,確定樣本中目的蛋白的存在。

陰性對照：如用同型對照作為陰性對照，來排除非特異結合的情況。

七、二抗如何選擇